Наборы реагентов «RealQuant H3» и «RealQuant H3 R»


Набор реагентов «RealQuant H3» предназначен для обнаружения и определения количества ДНК человека, степени ее деградации, половой принадлежности и наличия ингибиторов в образце ДНК. Все это является важными показателями для оценки качества ДНК в криминалистических образцах перед проведением STR-анализа. Набор реагентов производится в двух форматах: первый – требующий приготовления и раскапывания (кат. № HG-403) и второй – полностью готовая реакционная смесь в ПЦР стрипах, необходимо добавить только ДНК (кат. № HG-403р).

В основе работы набора лежит метод полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ) с использованием TaqMan зондов. Для повышения чувствительности детекции в наборе «RealQuant H3» используются многокопийные локусы генома человека. Амплификация многокопийных аутосомных фрагментов разного размера и многокопийного фрагмента Y-хромосомы позволяет провести достоверную оценку количества и качества ДНК в исследуемом образце.

Мишени, размер их ампликонов и используемые красители набора реагентов «RealQuant H3»
Мишень Описание фрагмента Размер, bp Краситель
1 aS аутосомная ДНК, короткий фрагмент 112 FAM
2 aL аутосомная ДНК, длинный фрагмент 376 R6G/HEX
3 Y ДНК Y-хромосомы 110 ROX
4 IPC внутренний положительный контроль 82 Cy5

Короткий фрагмент аутосомной ДНК (aS) используется для определения концентрации общей ДНК в исследуемом образце.

Длинный фрагмент аутосомной ДНК (aL) необходим для определения степени деградации ДНК в исследуемом образце. По соотношению полученных в ходе ПЦР значений концентраций короткого и длинного аутосомного фрагмента можно судить о деградации ДНК в образце и спрогнозировать необходимое количество ДНК, которое нужно внести в STR-реакцию для получения полного профиля.

Фрагмент Y-хромосомы (Y) позволяет определить половую принадлежность образца ДНК уже перед проведением STR-анализа. И при возникновении сложностей с интерпретацией данных STR-анализа, может служить дополнительным половым маркером. Так же фрагмент Y-хромосомы может использоваться для оценки смесевых образцов мужской и женской геномной ДНК.

Внутренний положительный контроль (IPC) – это независимая реакция амплификации компоненты которой содержатся в реакционной смеси набора. IPC подтверждает, что все компоненты набора функционируют правильно. Так же IPC помогает оценить наличие или отсутствие ингибиторов в образце ДНК и принять решение о возможности использования образца ДНК в STR-реакции.

Калибровочная кривая набора строится по пяти точкам с десятикратным разведением от первой точки с концентрацией 50 нг/мкл, что позволяет установить диапазон достоверной оценки концентрации ДНК в образце от 50 до 0,005 нг/мкл.

Параметры калибровочных кривых: коэффициент корреляции R2 >0.99, эффективность Е >95%.

Калибровочная кривая по короткому аутосомному фрагменту (прибор АНК 48)
Калибровочная кривая по длинному аутосомному фрагменту (прибор АНК 48)
Калибровочная кривая по фрагменту Y-хромосомы

Для внесения в реакционную смесь достаточно 2 мкл образца ДНК, что снижает потери особо значимых образцов.

При использовании амплификатора АНК-48 (кат. № АНК-М, Синтол) возможно проведение быстрой ПЦР. Время амплификации составляет 38 минут.

Набор реагентов «RealQuant H3» прошел испытания на специфичность к ДНК, наиболее часто встречающихся в обиходе человека животных.

Животные, к ДНК которых проводились испытания на специфичность набора «RealQuant H3»
Образец Млекопитающие макака
кошка
собака
хомяк
хорёк
мышь
кролик
коза
овца
свинья
корова
лошадь
Птицы курица
гусь
Рыбы карп

В результате проведенных исследований выявлена высокая специфичность к ДНК человека и отсутствие таковой к ДНК животных, использованной в испытаниях.

Набор может быть использован в лабораториях бюро судебно-медицинских экспертиз и в лабораториях экспертно-криминалистических центров. Результаты, полученные с использованием набора «RealQuant H3» могут помочь в:
- определении наличия ДНК человека в образце;
- определении концентрации обще геномной ДНК человека в образце;
- оценке деградации ДНК в образце;
- определении половой принадлежности ДНК в образце;
- оценке наличия ингибиторов в образце ДНК;
- определении количества образца ДНК для использования в STR анализе с учетом деградации и наличием ингибиторов.


Вернуться в раздел