Набор реагентов «Potato Virus M, Potato Virus Y, Potato Virus S-РВ»
Кат. № PV-013
Картофель относится к числу культур, сильно поражаемых вирусными болезнями, что было замечено сразу после его интродукции в Европу в 16 веке [Лебенштейн и др., 2000]. Potato Virus M повсеместно встречается в посадках картофеля. Симптоматика поражения зависит от сортовых особенностей и изолята, варьирует от слабой мозаики до сильного закручивания верхних листьев и остановки роста растений. В соответствии с нуклеотидной последовательностью гена, кодирующего белок оболочки вируса, 11 изолятов вируса распределяются на две группы, одна из которых включает PVM изоляты из Италии, Германии, Китая, Польши и России, а вторая – изоляты из США и Канады [Xu et al., 2010].
Potato Virus S также встречается во всех регионах, где выращивают картофель. Имеет узкий круг хозяев – в основном представителей двух семейств: Solanaceae и Chenopodiaceae. У большинства инфицированных сортов картофеля симптомы вирусного поражения не проявляются. Андийский штамм PVSA, в отличие от широко распространенного PVSo, вызывает более серьезное поражение, приводящее к преждевременному отмиранию листьев, и эффективнее переносится тлями. Новый изолят SBK, поражающий культурный картофель вида S. phureja, недавно обнаружен в Колумбии [Gutierrez et al., 2013].
Повсеместное распространение и наиболее ощутимый ущерб картофелеводству причиняет Potato Virus Y, который имеет широкий круг хозяев, поражает растения 9 семейств, в том числе представителей 9 родов Solanacea. Симптомы поражения на картофеле варьируют в зависимости от сорта, штамма вируса и условий выращивания. Различают три группы штаммов: обыкновенный PVYo распространенный во всех странах, некротический PVYN – поражает картофель в Европе, странах Африки и Южной Америки и PVYC – штамм, обнаруженный в Европе, Австралии и Индии. Некротический штамм подразделяют на группы PVYN, PVY NTN и PVY N-Wi. Изоляты группы PVY NTN вызывают появление некрозов в мякоти клубней. Изоляты группы PVY N-Wi серологически сходны с изолятами обыкновенного штамма PVYo. Полагают, что их геном – результат рекомбинации между изолятами некротического и обыкновенного штаммов, которая произошла сравнительно недавно в результате специализации патогена к паразитированию на определенных сортах картофеля [Visser et al., 2012].
«ФИТОСКРИН» — технология быстрой молекулярно-генетической диагностики заболеваний растений методом ПЦР в реальном времени
«Potato Virus M, Potato Virus Y, Potato Virus S-РВ»
Набор реагентов для дифференциальной диагностики и выявления РНК вирусов картофеля методом полимеразной цепной реакции в реальном времени совмещенной с реакцией обратной транскрипции (ОТ-ПЦР-РВ)
- Область применения
Набор реагентов «Potato Virus M, Potato Virus Y, Potato Virus S-РВ» предназначен для обнаружения РНК вирусов S, Y и M картофеля. Данные вирусы поражают помимо картофеля многие растения рода Solanum, в том числе такие важные сельскохозяйственные культуры как томат, баклажан, перец сладкий и табак.
Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала в целях обнаружения РНК вирусов картофеля. Набор позволяет качественно определить содержится ли в образце РНК вирусов картофеля S, Y, M.
Диагностика растений с помощью набора «Potato Virus M, Potato Virus Y, Potato Virus S-РВ» возможна на всех этапах вегетационного развития методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ).
Проведение реакции обратной транскрипции и последующей мультиплексной ПЦР-РВ в наборе реагентов «Potato Virus M, Potato Virus Y, Potato Virus S-РВ» осуществляется последовательно в одной пробирке в течение одного запуска амплификатора без каких-либо дополнительных манипуляций. Набор реагентов «Potato Virus M, Potato Virus Y, Potato Virus S-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичные фрагменты S, M и Y вирусов картофеля: S вирус картофеля – по каналу флуоресценции FAM/Green, M вирус – по каналу флуоресценции ROX/Orange, Y вирус – по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow, а также внутренний положительный контроль (ВПК) – по каналу флуоресценции Cy5/Red.
- Чувствительность
Для испытания аналитической чувствительности набора был произведен ряд из 8-ми разведений полученной РНК изолятов PV-0403 (pvY), PV-0574 (pvS) и PV-0273 (pvM) средней зараженности (20,8 ct). Положительная реакция наблюдалась при разведении исходного инокулюма в 105 раза. При разведении в 106 реакция была нестабильной. При разведении в 107 раз специфичной реакции не отмечено.
При постановке ПЦР в мноплексе (каждый вирус отдельно) отличий, а именно, снижений аналитической чувствительности не обнаружено. Результаты приведены на рисунках ниже.
- Специфичность
Специфичность – ложноотрицательные результаты при анализе образцов растений, содержащих РНК целевых вирусов, отсутствовали, ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК растений и РНК вирусов, не содержащих вышеперечисленные специфичные фрагменты, отсутствовали.
