Набор реагентов «Andean potato latent virus-РВ»
Кат. № PV-012
Андийский латентный вирус картофеля (APLV) относится к роду Tymovirus. Ранее к вирусу APLV относили три группы серологических штаммов CCC, Col-Cay, Hu. Позднее, в 2013 году, группу вирусов, которые относились к штаммам Hu определили в отдельный вид — Andean potato mild mosaic virus.
Распространение APLV ограничено Андийским регионом Южной Америки, основными растениями-хозяевами являются картофель Solanum tuberosum и уллюко клубненосный Ullucus tuberosus. Симптомы зависят от штамма вируса, сорта растения-хозяина и климатических условий, обычно симптомы малозаметны, иногда проявляются в виде хлоротичной сетки на листьях или в форме мозаики.
Региональные организации по защите растений рекомендуют строгие меры защиты и фитосанитарной сертификации, как для продовольственного, так и для посадочного материала картофеля из Южной Америки. На сегодняшний день вирус включен в список А1 ЕОКЗР и в первый список единого перечня карантинных объектов Евразийского экономического союза.
«ФИТОСКРИН» — технология быстрой молекулярно-генетической диагностики заболеваний растений методом ПЦР в реальном времени
«Andean potato latent virus-РВ»
Набор реагентов для обнаружения РНК андийского латентного вируса картофеля методом полимеразной цепной реакции в реальном времени совмещенной с реакцией обратной транскрипции (ОТ-ПЦР-РВ)
Набор реагентов «Andean potato latent virus-РВ» предназначен для обнаружения РНК андийского латентного вируса картофеля. Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала в целях обнаружения РНК Andean potato latent virus.
Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце РНК Andean potato latent virus. Диагностика растений на вирусы картофеля с помощью набора «Andean potato latent virus-РВ» возможна на всех этапах его вегетационного развития методом полимеразной цепной реакции в реальном времени с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР-РВ). Проведение реакции обратной транскрипции и последующей мультиплексной ПЦР-РВ в наборе реагентов «Andean potato latent virus-РВ» осуществляется последовательно в одной пробирке в течение одного запуска амплификатора без каких-либо дополнительных манипуляций.
Набор реагентов «Andean potato latent virus-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичные фрагмент Andean potato latent virus – по каналу флуоресценции FAM/Green, а также внутренний положительный контроль – по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow.
Первая реакция позволяет обнаружить ген оболочки (cp) вируса Andean potato latent virus. Праймеры, применяемые в данной системе, сконструированы таким образом, чтобы обнаруживать 100% целевых вирусов последовательности которых находились в базе данных NCBI Nucleotide на 25.03.2019 (www.ncbi.nlm.nih.gov). Вторая реакция – ВПК (Внутреннего Положительного Контроля) – необходима для исключения ложноотрицательных результатов.
Вторая реакция – ВПК (Внутреннего Положительного Контроля) – необходима для исключения ложноотрицательных результатов.
- Чувствительность
Для испытания аналитической чувствительности набора был произведен ряд из 8-ми десятикратных разведений полученной РНК изолятов PV-0060 Andean potato latent virus средней зараженности (21,4 ct). Положительная реакция наблюдалась при разведении исходного инокулюма в 104 раза. При разведении в 105 реакция была нестабильной. При разведении в 106 раз специфичной реакции не отмечено.
- Специфичность
При проверке на специфичность использовалось РНК близкородственных, сопутствующих и целевых штаммов вирусов следующих коллекций: DSMZ, Федерального государственного бюджетного учреждения «Всероссийский центр карантина растений» (ФГБУ «ВНИИКР»).
Ложноотрицательные результаты при анализе образцов растений, содержащих РНК целевых вирусов, отсутствовали, ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК растений и РНК вирусов, не содержащих вышеперечисленные специфические фрагменты, отсутствовали.
Набор реагентов апробирован на следующих приборах: «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия), «CFX-96» («BioRad», США), «Rotor Gene» (Qiagen), «DT» («ДНК-технология», Россия).
